Fortaleza musulmana denominada por los cristianos Puig de Cebolla por deformación del árabe "Jubal·la" (colina). Fue conquistada por el Cid Campeador antes de la conquista de Valencia, aunque con posterioridad volvió a manos musulmanas.

Los primeros indicios históricos se remontan a la sociedad ibérica, de la época de los romanos se conserva una pilastra funeraria en el Monasterio de Santa María del Puig. Del paso de los árabes hay constancia por los diversos hallazgos alrededor de la montaña del Castillo o de “La Patà”. No obstante no será hasta el siglo XI cuando Jubayla, topónimo del lugar, adquiera una importancia estratégica. El Cid lo conquistó a finales del siglo XI. El Puig se identifica con la localidad de Cebolla citada en el Cantar de mío Cid, de hecho, la localidad forma parte del Camino del Cid.

Posteriormente El Puig pasó nuevamente a dominio islámico hasta que en 1237 fue conquistado por Jaime I. El enfrentamiento en la conocida Batalla de Enesa entre cristianos y musulmanes, abrirá las puertas a la conquista de la ciudad de Valencia en 1238.

A finales de agosto de 1237 el fraile mercedario Pedro Nolasco descubrió la imagen de la Virgen debajo de una campana, según cuenta la leyenda. En esa misma colina, se edificó la iglesia de Santa María y, a partir del siglo XVI, el monasterio. En 1240 el rey dio tierras a Arnau de Cardona, entre otros, para que construyera el monasterio a Santa María como memoria de la batalla que permitió el asedio de la ciudad de Valencia.

En 1343 el castillo del Puig pertenecía, de por vida, al conde de Terranova. El 30 de marzo de 1340, Pedro IV el Ceremonioso otorgó el castillo y el lugar a Pedro de Jérica y posteriormente se lo cambió por otras posesiones. En 1353 este rey lo concedió a Nicolau Janvila. Posteriormente el rey lo vende, en 1385, a Pedro de Centelles. En 1608 se produce la segregación del término del Puig del de Puebla de Farnals. Los últimos señores territoriales son el marqués de Bélgida y el Ayuntamiento de Valencia por mitades.

En el siglo XX y durante el bienio conservador de la Segunda República, los anarquistas provocan el descarrilamiento del tren rápido Barcelona - Sevilla que se despeña por el Barranco de Puzol entre las estaciones de El Puig y Puzol, con un total de 20 muertos.

En esta localidad se presentaron las Normas del Puig (también conocidas como Normas de la Real Academia​), normas ortográficas elaboradas en 1979 por la sección de Lengua y Literatura de la Real Academia de Cultura Valenciana para el valenciano, entendiendo éste como una lengua independiente del catalán por los defensores de dicha normativa. Fueron presentadas en un acto celebrado el 7 de marzo de 1981 en el municipio valenciano de El Puig.